Durante la primera consulta se exploran los antecedentes personales y familiares con la información que el paciente o la familia proporcione, integrándolos en un árbol genealógico (pedigrí) siguiendo la nomenclatura internacional7,8 (fig. 3), con el objetivo de identificar la probabilidad de presentar una predisposición heredable a alguna enfermedad. Se construye una genealogía de al menos tres generaciones, lo que nos permite visualizar a los integrantes de la familia, señalando a enfermos y sanos. La información incluye la edad actual, el estado de salud, la edad en el momento de la muerte y la causa de la muerte, y los diagnósticos médicos con exposiciones medioambientales relacionadas. Es probable que durante su elaboración obtengamos indirectamente información de las relaciones personales entre los distintos miembros de la familia9.

Figura 3.

Ejemplos de árboles genealógicos (pedigrís). Los símbolos del pedigrí se refieren al género: los cuadrados representan varones; los círculos, mujeres; los triángulos, abortos espontáneos; los triángulos cruzados, interrupción legal/voluntaria del embarazo; los rombos, personas con género desconocido o no binario; los símbolos cruzados indican que la persona ha fallecido, y la letra «P» indica gestación en curso. La flecha señala la persona consultante o la persona por la que se consulta, y la flecha junto a una letra «P» indica al probando. Los números romanos hacen referencia a la generación, y los números arábigos, al individuo. AMAB: asignado hombre al nacer (assigned male at birth).

A) Familia con antecedentes de abortos en varios de los miembros. La consultante desea conocer su riesgo de tener un nuevo descendiente enfermo. A la vista del pedigrí, se plantea que lo más probable es que sea portadora de una translocación equilibrada, pudiendo una nueva gestación conllevar a un nuevo aborto, a un descendiente con enfermedades congénitas debido a heredar la translocación desequilibrada, a un descendiente sano portador de la misma translación equilibrada o a un descendiente con una dotación cromosómica sin alteración. Se le ofrecerá la posibilidad de realizar un cariotipo.

B) Ante un antecedente familiar de acondroplasia, se consulta sobre el riesgo de recurrencia en un embarazo en curso. Dada la herencia autosómica dominante de dicha enfermedad, y que ninguno de los progenitores la manifiesta, se exponen a la pareja la posibilidad de mosaicismo gonadal, y los riesgos y beneficios de una amniocentesis para la detección de la variante familiar.

C) A la vista del árbol familiar, se infiere que los más probable es que ambos progenitores sean portadores de la variante causal de la hipoacusia. Por tanto, el riesgo a priori del nuevo descendiente de presentar la enfermedad es del 25%. Se ofrece la posibilidad de estudio genético dirigido a ambos progenitores.

(0.25MB).

La evaluación de la genealogía permite discriminar los factores de riesgo genéticos (hereditarios) de los factores ambientales (estilo de vida, exposición a tóxicos, etc.), y además es de gran utilidad como herramienta de educación en la promoción en salud y la prevención de enfermedades. Tenemos que ser conscientes de que, en muchas ocasiones, esta recolección de información tiene el sesgo del recuerdo de las personas que acuden a la consulta y que pueden confundir edades de diagnóstico o fallecimiento e, incluso, diagnósticos clínicos. En caso de ser relevantes para la orientación del asesoramiento, es recomendable indicarles que busquen esa información (o autorización por parte de familiares implicados para que nosotros podamos consultar historiales clínicos) y acudir a una nueva consulta.

Con esta información, se establece el posible modo de herencia y se informan de los riesgos de recurrencia (probabilidad de que los progenitores tengan otro descendiente con la misma enfermedad que el consultante) y de transmisión (probabilidad de que, en un futuro, la persona que consulta transmita la enfermedad a su descendencia)9.

Asimismo, se informa sobre en qué consisten los estudios genéticos que pudieran estar disponibles para la enfermedad, sobre la probabilidad de presentar una predisposición heredable, sobre los posibles resultados (tabla 1), sobre la probabilidad de transmisión, de recurrencia, las implicaciones médicas, las medidas de prevención y de diagnóstico precoz, las opciones reproductivas, etc. Se describe el procedimiento, potenciales beneficios y limitaciones.

Existe la creencia de que acudir a una consulta de asesoramiento implica la toma de muestra para el estudio genético, cuando en realidad el objetivo es obtener información y educar sobre los riesgos, las implicaciones de los resultados y las medidas de prevención y manejo, de manera no directiva. Dado que el asesoramiento genético no siempre desemboca en la recomendación de pruebas genéticas, es importante que el clínico remitente informe a los pacientes de que se les deriva para determinar si las pruebas genéticas serían apropiadas, en lugar de para someterse a ellas. Si la única expectativa de la visita es que se realice una prueba genética y esto no ocurre, los pacientes pueden sentirse frustrados.

Por otra parte, en caso de estar disponible, el estudio genético es optativo y voluntario; respetando su autonomía, los pacientes o sus responsables legales pueden decidir realizar el estudio genético o declinarlo una vez obtenida toda la información. Es frecuente que familias que estaban decididas a que se realizara el estudio genético prefieran postergarlo tras la consulta de asesoramiento genético, ya sea para compartir la información con otros familiares (muy frecuente cuando a consulta acude uno solo de los progenitores) o con el clínico de referencia, o para reflexionar sobre las implicaciones y las posibilidades que estos estudios ofrecen. En el caso de estudios de secuenciación masiva es especialmente compleja la toma de decisión por parte de los progenitores, por la comprensión de las implicaciones tanto a nivel de salud10 como éticas11.

En caso de que el paciente o la familia muestren interés en su realización, se explica quién es la persona candidata al estudio, la persona más «informativa» de la familia, que no siempre tiene que ser quien consulta. Es importante aclarar por qué se estudia primero a una u otra persona, su implicación en la relevancia de los resultados. Una vez ante la persona candidata y que ha aceptado realizarse el estudio, se explica y entrega el consentimiento informado, que debe firmarse por ambos progenitores o tutores legales, en caso de menores de 12años; o por el menor capaz y un progenitor o tutor legal, en caso de personas con más de 12años; o por el consultante si es mayor de edad (art.5.3 del Real Decreto 1090/2015; art.20.1 de la Ley 14/2007). Existen unas recomendaciones sobre los elementos imprescindibles que debiera contener un consentimiento informado para los estudios basados en secuenciación masiva12.

Los estudios genéticos se realizan, generalmente, sobre una muestra de sangre extraída a tal efecto una vez otorgado el consentimiento. Insistimos, la decisión sobre hacer o no el estudio genético es personal y siempre ha de tomarla el paciente o los responsables legales adecuadamente informados.

Debemos tener presente que existen enfoques diferentes para las pruebas genéticas, desde la secuenciación de un solo gen hasta de todo el genoma, gracias a la tecnología de secuenciación de nueva generación (next-generation sequencing [NGS]). De hecho, la NGS puede utilizarse para secuenciar regiones concretas del genoma o grupos de genes (lo que se conoce comúnmente como paneles de genes), secuenciar todas las regiones codificantes o exones (WES) o secuenciar todas las regiones codificantes, no codificantes e intergénicas (WGS). Cada una de estas estrategias presenta ventajas y limitaciones que deben tenerse en cuenta a la hora de seleccionar la prueba más adecuada para el paciente (tabla 2).

La secuenciación de un gen seleccionado puede ser una prueba genética adecuada para una patología en la que las mutaciones en un gen concreto son la principal causa de la enfermedad. Sería, por ejemplo, el caso de los pacientes con acondroplasia, donde el 99% presentan la variante patogénica c.1138G>A en heterocigosis en el gen FGFR3 y un 1% la variante c.1138G>C13; o el de los pacientes con fibrosis quística, que presentan alteraciones bialélicas en el gen CFTR14.

Sin embargo, debido a la heterogeneidad genética y fenotípica de la mayoría de las enfermedades pediátricas hereditarias, la secuenciación de un único gen no suele ser el enfoque más eficiente o eficaz.

Otro uso de la secuenciación de un solo gen o de la secuenciación dirigida es para analizar a los miembros de la familia en busca de la variante específica identificada previamente como causante de la enfermedad en esa familia.

Las pruebas de gen único también pueden realizarse para la detección de portadores en la pareja reproductiva de un paciente con una enfermedad autosómica recesiva conocida o portador para ella. La determinación del estado de portador de ambos miembros de la pareja proporciona una evaluación más precisa del riesgo para su descendencia15.

Estos estudios pueden realizarse bien por secuenciación tradicional (secuenciación Sanger) o por NGS.

Muchas de las enfermedades pediátricas presentan heterogeneidad genética y fenotípica, con más de un gen causante responsable de una enfermedad concreta, o una serie de fenotipos clínicos derivados de alteraciones en un único gen. Por ejemplo, en el caso de las hipoacusias16, la epilepsia17 o las displasias esqueléticas18 se han descrito cientos de genes implicados como causantes de la enfermedad. En estos casos es beneficioso secuenciarlos utilizando un panel de genes, que se basa en el uso de la tecnología NGS para seleccionar o capturar exones y secuenciar las regiones o genes seleccionados. Tras la secuenciación, se requieren análisis bioinformáticos para identificar las posibles variantes causales.

Una ventaja importante de este enfoque es la capacidad de secuenciar simultáneamente muchos genes sin tener que realizar el estudio de un gen tras acabar el del anterior. Además, por lo general tienen una alta profundidad de lectura (la misma posición es secuenciada múltiples veces), lo que permite identificar alteraciones en mosaico.

Las desventajas incluyen un mayor coste en comparación con la secuenciación dirigida o de un solo gen, la identificación de variantes de significado incierto y la posibilidad de descubrir hallazgos incidentales (véase más adelante).

Dado que el coste de la secuenciación disminuye continuamente, tanto la WES como la WGS se utilizan cada vez más como pruebas diagnósticas19,20. Ambos métodos pueden identificar de forma exhaustiva todas las variantes genéticas en regiones codificantes. En el caso de la WGS, también se pueden identificar las variantes genéticas en secuencias no codificantes (variantes en el promotor, intergénicas, en zonas reguladoras…). Estos métodos tienen la ventaja de descubrir nuevos genes causantes de la enfermedad y de ampliar el espectro fenotípico de los genes ya conocidos. Por último, es importante tener presente que, en función del pipeline bioinformático, además de las alteraciones en la secuencia, también podremos analizar alteraciones cromosómicas a gran escala, como deleciones o duplicaciones21.

El WES presenta ciertas limitaciones. Por lo general, no detecta variantes intrónicas (a menos que flanqueen inmediatamente un exón diana), tampoco detecta expansiones de repeticiones de trinucleótidos ni anomalías de metilación (estas últimas tampoco son detectables por WGS), y es posible que solo detecte de forma limitada las variantes de número de copia19.

Al igual que las pruebas basadas en paneles, las pruebas WES y WGS requieren sofisticados análisis bioinformáticos (más en este caso dado que el número de variantes que se identifican es aún mayor) para detectar variantes potencialmente patogénicas de entre las variantes de ADN identificadas mediante este proceso.

Para el descubrimiento de nuevos genes es útil secuenciar a los miembros de la familia (exoma/genoma trío)19, y en la práctica pueden ser necesarios resultados de diferentes familias para proporcionar pruebas sólidas de un nuevo gen patogénico. Las desventajas de WES y WGS incluyen costes más elevados, mayores demandas de almacenamiento de datos, plazos de entrega más largos, necesidad de personal experto en análisis bioinformáticos y, por último, la posibilidad de descubrir hallazgos genéticos incidentales (véase más adelante).

La variación genómica estructural se define como cambios genómicos >1kb (kilobase) que pueden ser desequilibrados (deleciones, inserciones y duplicaciones, también llamados CNV) o equilibrados (translocaciones e inversiones)22.

Si bien, como hemos mencionado, algunas aproximaciones bioinformáticas permiten la detección de algunas de estas alteraciones en los estudios de NGS, en ocasiones se requieren métodos o tecnologías específicas que incluyen la hibridación fluorescente in situ (FISH) y la amplificación de sonda dependiente de ligación múltiple (MLPA), cuando se conoce la región que puede estar afectada, o la hibridación genómica comparativa (CGH), los chips de polimorfismo de nucleótido único (SNP), cuando son estudios a genoma completo.

Las variantes estructurales representan una parte significativa de la «causalidad ausente» en las enfermedades pediátricas, cuando los estudios de secuenciación no permitían identificar (o no buscaban) este tipo de alteraciones23. Es importante tener presente que el análisis genético completo de los pacientes con enfermedades hereditarias debería incluir tanto la secuenciación como el análisis de las CNV.

La NGS genera miles de variantes de secuencia potencialmente asociadas a enfermedades. A medida que aumenta el número de genes secuenciados, es necesario evaluar un mayor número de variantes. Los análisis bioinformáticos son un paso fundamental para identificar las realmente causantes de enfermedad. Además, proporcionar una descripción precisa de los fenotipos clínicos, según la codificación HPO (https://hpo.jax.org/app/), es útil cuando se envían muestras de pacientes para estudios genéticos. Estas descripciones pueden ayudar a priorizar las variantes identificadas24.

El Colegio Americano de Genética Médica (American College of Medical Genetics [ACMG]) ha proporcionado una serie de directrices para evaluar la patogenicidad de las variantes utilizando la frecuencia poblacional, los análisis computacionales (insilico), los datos funcionales, así como los datos clínicos y la segregación familiar, para asignarles una clasificación de patogénica, probablemente patogénica, de significado incierto, probablemente benigna o benigna2. ClinGen (Clinical Genome Resourcehttps://clinicalgenome.org/), GenCC (Gene Curator Coalition, https://search.thegencc.org/), Franklin (https://franklin.genoox.com/clinical-db/home), ClinVar (www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar) y LOVD (www.lovd.nl) proporcionan recursos adicionales para la interpretación de variantes.

Las variantes de significado incierto (VUS) pueden tener algunas características de las variantes causantes de enfermedades, pero no hay pruebas suficientes para apoyar una clasificación patogénica ni una clasificación benigna. Un ejemplo de VUS es una variante en un gen conocido como causante de enfermedad que se encuentra raramente en la población, pero sin datos funcionales que apoyen su patogenicidad. Otras pruebas que apoyarían la patogenicidad podrían incluir pruebas funcionales o pruebas de segregación con enfermedad en miembros de la familia, o en otra familia con la misma variante y la misma afección.

Las VUS pueden reclasificarse con el tiempo25, por lo que es importante que la persona que se somete a las pruebas se mantenga en contacto con el clínico que solicitó o realizó las pruebas genéticas para asegurarse de recibir actualizaciones si se conoce nueva información sobre la variante.

Los estudios de secuenciación masiva pueden identificar variantes responsables de patologías diferentes a la enfermedad por la que se consulta. Estos resultados no requeridos se han dividido en hallazgos secundarios y hallazgos incidentales. Si bien ambos son variantes (probablemente) patogénicas no relacionadas con la cuestión clínica inicial, los hallazgos secundarios se refieren a aquellas variantes localizadas en genes que son buscados activamente por el laboratorio clínico y cuya búsqueda se basa en la lista propuesta por el ACMG26, e incluye genes seleccionados por estar asociados con enfermedades que disponen de una prueba genética clínica fiable y una intervención o tratamiento eficaces. Por otro lado, los hallazgos incidentales incluyen variantes (probablemente) patogénicas no relacionadas con la indicación clínica primaria que se identifican por casualidad durante el análisis genético27.

No hay un claro consenso sobre si los hallazgos genéticos incidentales deben o no revelarse automáticamente a los pacientes28,29. Este aspecto es aún más difícil de abordar cuando el estudio genético se va a realizar en niños11. Además, no podemos perder de vista que, si se realiza la secuenciación del exoma trío, estas variantes no solicitadas, cuando se encuentran en el paciente, podrían incluirse en el informe y añadir información relativa a la herencia para las variantes, y por lo tanto, tiene el potencial de diagnosticar a un progenitor al mismo tiempo que a su descendiente. Incluso si los miembros de la familia no se someten a la secuenciación, la identificación de un hallazgo incidental en un niño puede tener implicaciones para toda la familia, ya que se pueden recomendar pruebas en cascada para los miembros no afectados. Esta implicación de los resultados de los estudios genéticos de los niños en sus progenitores podría tener un efecto en la decisión de estos sobre la realización o no del estudio genético a su descendiente11.

Con todas estas opciones de resultados (desde las variantes patogénicas hasta las VUS o las inesperadas), lo óptimo sería poder realizar esta consulta junto con el clínico de referencia del paciente, que será quien se hará cargo de su seguimiento.

En esta sesión se expone al paciente y/o a los progenitores que los resultados ya están disponibles y se les consulta de nuevo por su interés en conocerlos. Se confirma si desean ser informados de los hallazgos incidentales en caso de que así lo indicaran en la consulta pre-test. Se aclara cualquier duda que hayan tenido durante el tiempo de espera hasta la llegada de los resultados.

Se les informa de los resultados, se explican en su contexto, sus implicaciones médicas, cómo se hereda la enfermedad, el posible riesgo de otros familiares, y opciones reproductivas. Se aclaran las posibles dudas y preocupaciones que surjan en la consulta. Se indican las recomendaciones de derivación a los especialistas según la alteración genética para poder hacer un seguimiento adecuado al riesgo y se remite al paciente (y a los familiares) a los especialistas correspondientes.

Además, podremos tener que exponer y aclarar los hallazgos incidentales, y sus implicaciones, tanto en el consultante como en el resto de miembros de la familia.

Habitualmente esta sesión implica algo más que el suministro de información médica y suele centrarse en ayudar a las familias a afrontar las consecuencias emocionales, psicológicas, médicas, sociales y económicas de los resultados de la prueba. En particular, se abordan cuestiones psicológicas como la negación, la ansiedad, la ira, el dolor o la culpabilidad, y cuando es necesario se ofrecen derivaciones para un asesoramiento psicosocial en profundidad.

Se entrega un informe donde se resumen los motivos de consulta, los estudios genéticos realizados y los hallazgos30, así como recomendaciones y material para compartir con los familiares o sobre recursos comunitarios y grupos de apoyo o asociaciones de pacientes (si hubiera). Si es posible, se entregan datos de contacto para establecer una relación abierta en caso de más preguntas o consultas.

Si la prueba genética es positiva, se puede considerar la realización de pruebas a otros familiares del individuo, por lo que se ofrece la posibilidad de derivar a otros miembros de la familia para la evaluación del riesgo.